西水流八喜由於父母亡沒，妹妹西水流虹緒成為植物人，只能在爺爺家中寄居。平日在秋葉原的雜貨店打零工以幫補家用，閒時喜歡去女僕咖啡廳一睹可愛的女僕「盛」（藝名）。八喜自幼可以看到妖怪和幽靈，並且能以氣味辨別其是否作惡，得益於這個能力，他能與靈魂出竅的妹妹溝通，只是無法與妹妹的靈魂觸碰。一天，八喜偶遇少女綾辻轆花，並且被轆花妖怪的身份嚇了一跳，並對其敬而遠之，八喜也從轆花口中得知妖怪的部分秘密，妖怪以人對其的驚恐為食，也能看到靈魂。不日八喜發現「盛」有惡妖附身的氣息，在轆花幫助下，八喜打敗了附身的妖怪柿男，是役八喜接受了轆花，讓她暫時在他家中居住。柿男事件之後，八喜結識了「盛」的姊姊千歳屋梛，知道盛的本名「李」之餘，也被梛拜託守護有吸引妖怪體質的李。

以此為契機，八喜開始主動去退散在秋葉原聚集的妖怪，深入妖怪的世界，了解到妖怪也有善惡，並漸漸與真壁一琉、鈴鳴喵等妖怪交好。此外，千歳屋梛在妖怪世界淵源頗深，給了八喜不少退散妖怪的業務，並承諾會尋找有干涉靈魂能力的妖怪協助虹緒恢復正常。一場場戰鬥中，八喜的靈力潛能被激發，漸漸能與轆花進行靈子合體，加強戰鬥力。八喜的事跡引起了國際現代非科學現象研究所（GCUP）的關注，GCUP是一個有政府背景的除妖組織，GCUP派人招攬八喜，兩者達成合作的共識。首次合作的除妖活動，其目標是曾被八喜退散的糸重姬瑠依。八喜憑藉氣味判斷出姬瑠依已經改過自新，希望GCUP放棄除妖，然而談判破裂，兩者分道揚鑣。之後GCUP更視八喜及其庇護的妖怪為除妖目標，雙方不斷爆發衝突。GCUP屢次圍剿八喜等人的行動接連失敗，於是從各地調來精銳，期間八喜意外發現，GCUP的最強戰力新谷優吾是他兒時的玩伴和好朋友，優吾直言八喜的靈力源頭是虹緒悲劇的原因，並打算殺死八喜。在優吾策劃的一次圍剿中，八喜身死，體內隱藏的力量爆發，並且無差別攻擊眾人，最後轆花以自己的靈魂平息了八喜的暴走，八喜也恢復了過去被封印的記憶。

八喜在年幼時曾在靜岡縣結識了轆花，兩人經常一起在林間玩耍。八喜在一次玩耍期間遭遇意外，瀕臨死亡。轆花原為過去之人，偷偷前往未來玩耍，她是秋葉權現的劍和鞘的化身，她拜託秋葉權現幫忙救下八喜，權現贈予八喜他的血液，讓八喜成為半妖和他的分身得以保存生命。權現深知自身血液非凡人能駕馭，他命轆花在八喜長大後守衛在其身旁，以阻止八喜未來存在的暴走。轆花穿越到未來，並附身一瀕死的轆轤首肉體，去尋找長大後的八喜。八喜成長期間也在某次意外車禍中失控，讓妹妹虹緒靈魂脫離肉身無法恢復，友人優吾也目睹了這次意外，在他人指點下，優吾定下除去八喜權現血脈的計劃，並以鬼的血脈強化自身。八喜恢復記憶後，加上轆花在事件後一睡不起，一度變得自暴自棄，在朋友的鼓勵下，八喜決定去尋找讓轆花醒來的方法。在大天狗和妖狐的幫助下，他得知轆花的靈魂在完成使命後回到本體，於是決定前往秋葉權現的總本殿尋找。最後在秋葉山本宮秋葉神社找回轆花本體，讓轆花靈魂回到肉身。

轆花之事剛了結，優吾的鬼血脈也引起了暴走，GCUP的總部由於優吾的失控關押的妖怪也被釋放了出來。八喜和同伴與GCUP拋開立場，一同鎮壓四散的妖怪。八喜利用覺醒的秋葉權現力量後，與四個妖怪進行靈子合體，正面應敵優吾，並成功破除了鬼血脈的影響，讓優吾恢復正常。是役，GCUP也重新審視自身的政策，認同了八喜對待妖怪的態度，兩者再度進行合作。八喜也利用覺醒的力量讓虹緒的靈魂回到肉體。